Hackathon on Spatial Omics and Image-Derived Data
Venice International University - Isola di San Servolo a Venezia
Dal 19.04.2026 al 22.04.2026
Successo per l'Hackathon on Spatial Omics and Image-Derived Data, organizzato dal Dipartimento di Scienze Statistiche dell'Università degli Studi di Padova in collaborazione con EMBL e Venice International University, dal 19 al 22 aprile 2026 sull'isola di San Servolo a Venezia.
L'iniziativa, coordinata da Davide Risso, docente del Dipartimento di Scienze Statistiche dell'Università di Padova, Helena Crowell del Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG) di Barcellona e Wolfgang Huber (EMBL), ha riunito 27 ricercatrici, ricercatori e sviluppatori software provenienti da Italia, Germania, Svizzera, Spagna e Stati Uniti. L'obiettivo dell'hackathon era sviluppare nuove soluzioni open source per l'analisi delle spatial omics e dei dati di bioimaging, contribuendo all'evoluzione dell'ecosistema Bioconductor, uno dei principali progetti internazionali per lo sviluppo di software dedicato all'analisi dei dati biologici.
Durante le tre giornate di lavoro, i partecipanti hanno collaborato in gruppi dedicati a quattro temi strategici: analisi differenziale di dati spaziali, manipolazione e visualizzazione di immagini e dati di segmentazione, infrastrutture e interoperabilità dei dati spaziali in Bioconductor e integrazione dei foundation models negli strumenti della comunità.
L'evento ha favorito un confronto interdisciplinare tra ricercatori senior ed early-career, con competenze che spaziano dalla bioinformatica allo sviluppo software, promuovendo la collaborazione internazionale e la condivisione di strumenti e metodologie aperte.
I risultati prodotti durante l'hackathon – tra cui nuovo codice, documentazione tecnica e materiali di supporto – sono stati raccolti in un repository GitHub dedicato e confluiranno in un preprint collaborativo che documenta le attività e i principali risultati scientifici e tecnologici emersi dall'iniziativa.
L'hackathon è stato finanziato in parte dallo European Research Council (ERC) nell'ambito del Grant CoG 101171662 ed è stato sostenuto dal programma Theory@EMBL, confermando l'impegno del Dipartimento di Scienze Statistiche dell'Università di Padova nella promozione della ricerca internazionale e dello sviluppo di software open source per le scienze della vita.
L'approfondimento sull'evento è disponibile nel resoconto pubblicato sul blog della comunità Bioconductor.
